Erdoğan rektör atamaları da yaptı. Yükseköğretim Kanunu'nun 13'üncü maddesi gereğince rektör atamaları şöyle:
Ankara Hacı Bayram Veli Üniversitesi Rektörlüğüne ise eski AKP grup Başkanvekili ve eski TBMM başkanvekili Prof. Dr. Mehmet Naci Bostancı atandı. Adıyaman Üniversitesi Rektörlüğüne Prof. Dr. Mehmet Kelleş, Aksaray Üniversitesi Rektörlüğüne Prof. Dr. Alpay Arıbaş ve Alanya Alaaddin Keykubat Üniversitesi Rektörlüğüne Prof. Dr. Kenan Ahmet Türkdoğan atandı.
Prof. Dr. Mehmet Naci Bostancı kimdir?
1980 yılında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesinden mezun oldu. Yüksek lisansını ve doktorasını İstanbul Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünde sosyal değişme kuramları üstüne verdiği tezler ile tamamladı. Türkiye Günlüğü, Birikim gibi dergilerde makaleleri yayınlandı. ANAP eski genel başkanlarından Mesut Yılmaz'a bir süre siyaset danışmanlığı ve 1989-1991 yılları arasında Kültür Bakanlığı Müşavirliği yaptı. 1998-2004 yılları arasında Gazi Üniversitesi İletişim Fakültesinde Halka İlişkiler ve Tanıtım Bölümü Başkanlığı yaptı. Ağustos 2008 itibarıyla Gazi Üniversitesi rektör danışmanlığına; 11 Mart 2009'da Gazi Üniversitesi İletişim Fakültesi dekanlığına getirildi.
10 Mart 2011'da dekanlık görevinden istifa ederek, 2011 Türkiye genel seçimlerinde AKP Amasya 1. sıra adayı olarak milletvekili seçildi.. 8 Ocak 2014 tarihinde TBMM Milli Eğitim, Kültür, Gençlik ve Spor Komisyonu başkanı ve 1 Eylül 2014 tarihinde ise AKP Grup Başkanvekili seçildi. 25, 26. dönem Amasya, 27. dönem Ankara milletvekili oldu 7 Temmuz 2018 tarihinde AKP grubundan Meclis Başkanvekili olarak seçildi.